Nocą z 3 na 4 lipca 1941 r. między godziną 22 a 2 kilka oddziałów złożonych z członków SS, policji i polowej żandarmerii pod dowództwem oficerów SS, rozjechało się po mieście i przeprowadziło aresztowania profesorów wyższych uczelni we Lwowie. Poza profesorami zabierano wszystkich obecnych w mieszkaniu mężczyzn powyżej 18 roku życia. Na ogół panował pośpiech, kazano się szybko ubierać (część profesorów już spała), przeprowadzano zwykle powierzchowną rewizję, rabując przy tej okazji złoto, dewizy, inne przedmioty wartościowe i w jednym przypadku maszynę do pisania. (...)Grupa Nachtigall Oberlandera była wykorzystywana do tej haniebnej roboty, ale panem życia i śmierci Hans Kryger, późniejszy kat inteligencji w Stanisławowie- pisał Zygmunt Albert.
Zaplanowali zbrodnię niemieccy naziści jeszcze przed atakiem na Związek Sowiecki w Krakowie, a nacjonalistom ukraińskim - obu proweniencji (banderowcom i melnykowcom) zlecili opracowanie listy straceń wraz z adresami ofiar - ci podjęli się z wielką ochotą.
To zlecenie odpowiadało bowiem nie tylko rozbuchanej naturze nowożytnych hajdamaków, ale także antypolskim planom opracowanym przez OUN jeszcze w 1929 roku. Do dzieła także zabrali się z dużą starannością, miało ono przecież służyć depolonizacji, od wieków przecież lechickich Kresów, a przede wszystkim Lwowa. Chodziło także o pozbawienie Polaków warstwy przywódczej, co też było jednoznaczne z pozbawieniem Europy umysłów, czasami na skalę świata.
Ani jednym słowem w obronie więzionych i zabijanych nie odezwała się unicka Cerkiew. Więcej - gdy żona akademika Cieszyńskiego, osobiście znanego Szeptyckiemu, poprosiła metropolitę, żeby ten zwrócił się do komendanta wojskowego Lwowa z prośbą o uwolnienie jej męża, świątobliwy ojciec cynicznie odrzekł, że on „do spraw ziemskich się nie miesza”.
Nie tylko zresztą Szeptycki, żaden inny hierarcha unicki nie próbował nawet ratować życia polskim uczonym. Milczenie hierarchów cerkiewnych w opisanej sprawie, to także „istotny wkład” w depolonizację Lwowa, na którym ukraińskim nacjonalistom bardzo zależało. (Edward Prus)
Najdokładniejszą relację o rozstrzelaniu profesorów podał inż. Karol Cieszkowski:
„[...] Nocą z 3 na 4 lipca około godziny 22 usłyszałem gwałtowne dobijanie się do sąsiedniej kamienicy, tj. przy ul. Nabielaka 53c, gdzie mieszkał prof. Witkiewicz. Gdy nikt nie otwierał dobijającym się, ci strzelili, jak się później dowiedziałem w zamek bramy. Niebawem około godziny 0.30 przyszli Niemcy do naszej kamienicy i zabrali mieszkającego w parterze prof. Stożka z dwoma synami. Czy ich zabierali autem, czy pieszo, tego nie wiem. Przez dalszą część nocy nie spałem, ponieważ byłem silnie podenerwowany.
O 4 nad ranem, a godzinę tę dokładnie pamiętam, ponieważ właśnie liczyłem sobie tętno przy pomocy fosforyzującego zegarka, usłyszałem strzały od strony Wzgórza Wuleckiego. Szarzało wówczas i zaczynało być widno. Na krawędzi Wzgórza Wuleckiego dobrze widocznego z okna mego narożnego pokoju, najbardziej wysuniętego na północ, ujrzałem kilkadziesiąt cywilnych osób stojących w jednym rzędzie, a nieco dalej od nich na prawo i lewo stali bardzo szykownie, powiedziałbym elegancko ubrani oficerowie z rewolwerami w ręku. Nie liczyłem tych cywilnych osób, ale oceniłem je na około 40-50 osób.
Mniej więcej w połowie zbocza zobaczyłem nad wykopaną jamą cztery cywilne osoby zwrócone twarzą do zbocza, a plecami do mnie. Za plecami tych osób stali czterej żołnierze z karabinkami w ręku, a obok nich oficer. Zapewne na słowną komendę tego oficera żołnierze równocześnie strzelili i wszystkie cztery osoby wpadły do jamy. Wówczas sprowadzono z góry ścieżką nowe cztery osoby i cała scena dokładnie się powtórzyła. Trwało tak do końca, aż wszystkie osoby cywilne zostały sprowadzone nad jamę i zastrzelone. Ostatnią osobą rozstrzelaną była kobieta w długiej czarnej sukni. Schodziła ona sama, słaniając się. Gdy przyprowadzono ją nad jamę pełną trupów zachwiała się, ale oficer podtrzymał ją, żołnierz strzelił i wpadła ona do jamy.
Jeśli chodzi o szczegóły tej egzekucji, to rozpoznałem niektóre osoby bardzo dokładnie. Nie tylko rozpoznałem je, bo patrzyłem przez lornetkę, ale niektóre osoby doskonale znałem i rozpoznawałem je nawet gołym okiem po ubraniach, charakterystycznych ruchach itp. Z całą pewnością rozpoznałem prof. Stożka. Stanął on nad jamą w owej charakterystycznej pozie z rękami założonymi w tył. Rozpoznałem obu synów prof. Stożka, z którymi się przyjaźniłem, profesorów: Łomnickiego, Pilata i Witkiewicza. Nie widziałem lub nie rozpoznałem profesorów Weigla i Krukowskiego. Zaznaczam jednak, że egzekucji pierwszych osób nie widziałem, bo dopiero po pierwszych strzałach podszedłem do okna. Również nie widziałem więcej kobiet poza tą jedną na samym końcu rozstrzelaną. (Zygmunt Albert, Zeszyty Lekarskie)